Namun kendati demikian, kongres Medan yang diam-diam disokong rezim orde baru tetap digelar. Pada 20 Juni 1996 massa pendukung Megawati berunjuk rasa di sekitar Gambir Jakarta, menolak kongres Medan. Bentrok dengan aparat keamanan tak terelakkan.
“Sebanyak 86 demonstran terluka, 50 lainnya menginap semalam di Polda Metro Jaya, dan 55 anggota ABRI terluka,” demikian dikutip dari buku Menjerat Gus Dur. Aksi penolakan yang disertai jatuhnya korban tidak menghentikan pelaksanaan kongres.
Kongres Medan terus berjalan dan ditutup pada 22 Juni 1996 dengan Soerjadi terpilih sebagai Ketua Umum PDI periode 1996-1998. Sejak itu unjuk rasa oleh massa pendukung Megawati meluas di mana-mana. Setiap demonstrasi selalu diikuti dengan aksi mimbar bebas. Mega sendiri terus bergerak menggalang berbagai kekuatan pro demokrasi. Putri Bung Karno itu menyatakan sikap melawan.
Pada 21 Juli 1996 Mega bertemu Jesse Jackson, aktivis HAM Amerika Serikat di Hotel Hilton Jakarta. Mega membeberkan berbagai hal tentang situasi politik Indonesia yang terjadi saat itu. Di dalam negeri Mega juga membangun koalisi politik dengan Gus Dur (KH Abdurrahman Wahid) yang saat itu menjabat sebagai Ketua Umum PBNU.
Duet Mega dan Gus Dur yang sama-sama memiliki basis akar rumput yang kuat menjadi ancaman bagi rezim orde baru, sehingga berbagai upaya untuk mendiskreditkan keduanya terus dilakukan. Dalam sebuah rapat umum pada tahun 1995, Kapuspen ABRI Letjen Syarwan Hamid dalam pidatonya terang-terangan menyerang Gus Dur dan Megawati. Aliansi antara Gus Dur dan Megawati disebut akan merusak stabilitas seperti halnya yang terjadi di Negara Filipina.
